唐僖宗躲進四川之后，黃巢的軍隊就開進了長安，并且建立了新的政權，國號大齊，年號金統(tǒng)。在農(nóng)民軍沉醉在勝利中時，唐僖宗才得以組織力量進行反撲。巴蜀之地向來富庶，再加上義武鎮(zhèn)節(jié)度使王處存、河中節(jié)度使王重榮等積極組織，各地藩鎮(zhèn)為了借機向朝廷表明忠心，以贏得平反后的封賜，也很賣力地出兵。在各種勢力的聯(lián)合絞殺下，黃巢起義軍內(nèi)部也開始分化。當時黃巢派駐同州重鎮(zhèn)的防御使朱溫在中和二年(882)九月投降，僖宗大喜過望，認為是“天賜我也”，就大大嘉獎了朱溫，甚至賜名“朱全忠”。但唐僖宗沒有想到的是，唐朝的江山社稷最終就是被這個朱全忠奪了去。

在官兵的威逼利誘下，農(nóng)民軍漸漸失利，不得不退出長安。起義軍首領黃巢也不得不含恨自殺。轟轟烈烈的黃巢起義就此畫上了一個句號，但是它帶給唐王朝的震蕩卻是驚人的。鎮(zhèn)壓起義之后，那些擁兵自重的藩鎮(zhèn)節(jié)度使勢力進一步膨脹，唐王朝的統(tǒng)治更加無力。

光啟元年(885)正月，唐僖宗終于得以返回魂牽夢繞的長安。但是，還沒等他喘口氣，宮中又發(fā)生了新的政變。這次動亂是拜“阿父”所賜。因為田令孜企圖從河中節(jié)度使王重榮手中奪得池鹽之利，王重榮自然不愿意，田令孜一氣之下便聯(lián)合邠寧節(jié)度使朱玫和鳳翔節(jié)度使李昌符向王重榮開戰(zhàn)。但是沒想到，王重榮也請來了援兵李克用，一起打敗了朱玫和李昌符，并且兵逼長安，形勢緊張。這時候田令孜手下的神策軍根本無力抵抗，不得已之下，他只有再度攜唐僖宗出逃，這次是逃往鳳翔(陜西寶雞)。

本來想挾天子以令天下的朱玫雖然沒有抓住唐僖宗，卻抓住了因病沒有跑掉的襄王李，于是就將他立為傀儡皇帝，并改元“建貞”。所以年紀輕輕的唐僖宗就被尊為了“太上元皇圣帝”。

這一鬧劇當然沒有上演太久，唐僖宗以正統(tǒng)為口號，利用藩鎮(zhèn)之間利益不均引起的矛盾，重新利用王重榮和李克用打敗了朱玫，奪得了長安。不過這一戰(zhàn)下來，長安城里橫尸遍野，官兵所到之處大肆搶掠，民生更加凋敝。

光啟四年(888)二月，疲病不堪的唐僖宗終于回到了長安。他的一生從十二歲登基以來，一直在驚魂不安中度過，幾次被逼得離宮逃難，顛沛流離，最終在同年三月三日暴病而死，年僅二十七歲。