明朝與日本的貿易關系，由于倭寇的騷擾，顯得異常復雜。明初幾位皇帝曾寄希望于通過外交途徑來抑制倭寇的侵擾，故對日本實行過羈縻政策，頒賜給勘合，準許他們入明朝貢。但是，因雙方對“朝貢”的理解不一樣，明朝方面企圖以此作為“羈縻”手段，以消除“釁隙”；而日本卻將其看作是營利之機，甚至把某些資金的籌集都寄托在朝貢之上。因此，日本各大名、寺社往往因爭取入明朝貢而激烈地競爭著，終于在寧波釀成了拼殺事件——“爭貢之役”。此后，明朝則改變對日貿易的政策，罷市舶，中斷與日本的貿易關系，結果在東南沿海一帶全面遭到倭寇騷擾，也就是所謂的“嘉靖倭患”。當倭患基本被平定后，明朝雖然在漳州月港宣布開海貿易，但對日本仍實行嚴禁政策，且終明之世，兩國未再恢復過正常的貿易關系。

明太祖立國之初，鑒于倭寇入寇山東海濱郡縣，掠民男女而去，于洪武二年(1369年)二月派楊載出使日本，賜日本國王璽書，要求各安其土。其書寫道：“……間者山東來奏，倭兵數寇海邊，生離人妻子，損傷物命。故修書特報正統之事，兼諭倭兵越海之由。詔書到日，如臣，奉表來庭；不臣，則修兵自固，永安境土，以應天休。”但是，當時日本正處于南北戰爭時期，南朝的懷良親王不僅不接受明朝的和解倡議．反而殺了使者中的5人，把楊載、吳文華2人拘留了三個月才放回。而當時明太祖對日本的國情并不是很了解，錯把征西將軍懷良當成是日本國王。在倭寇騷擾越來越嚴重，從山東轉掠至溫州、臺州、明州，甚至福建沿海郡縣時，于洪武三年(1370年)三月再遣萊州府同知趙秩出使日本，持詔諭懷良親王。懷良開始時誤認為明朝使者是蒙古所派，后經趙秩一再解釋，則同意派僧人祖來隨之入明朝貢，且送還明州、臺州被虜男女70余口。明太祖對此大加贊賞，詔賜祖來等人文綺、帛及僧衣等物。待辭行時，又派僧人祖闡、克勤等8人護送還國，并賜懷良《大統歷》及文綺、紗羅等。從此開始了中日兩國之間的外交往來。

明太祖為了了解日本的真實國情，據說曾在奉天殿召見當時正掛餳于金陵天界寺的日本僧人椿庭海壽，詢問其日本國情。從中了解到與之打交道的懷良親王并非日本國王，而博多、太宰府亦非日本之京城。當祖來人貢至金陵時，太祖亦詢及日本情況，并知在京都另有朝廷和天皇。因此，到祖來返國時，則派嘉興府天寧禪寺住持仲猷祖闡和金陵瓦官寺住持無逸克勤為使，以與京都之天皇往來。同時，太祖也因誤與懷良打交道，而對自己原先計劃通過外交途徑敦促日本抑制倭寇侵擾的做法感到懷疑，他說道：“幼君在位，臣擅國權，傲慢無禮，致使骨肉并吞，島民為盜，內損良善，外掠無辜，此招禍之由，天災難免。”從此對一切非日本朝廷派來的貢使一概拒絕接受，其中如洪武七年(1374年)，日本肥后菊池武政派來的僧人宣聞溪等、日本大隅守護島津氏久派來的僧人道幸等；洪武十四年(1381年)，懷良親王派來的僧人如瑤等；洪武十九年(1386年)，懷良親王派來的僧人宗嗣亮等，均下命卻其貢。不過，明太祖對這些海外國家還是堅持其羈縻政策，洪武四年(1371年)，他在奉天門告諭各省、府、臺大臣說：“海外蠻夷之國，有為患于中國者，不可不討；不為中國患者，不可輒自興兵。古人有言，地廣非久安之計，民勞乃易亂之源。如隋煬帝妄興師旅，征討琉球，殺害夷人，焚其宮室，俘虜男女數千人。得其地不足以供給，得其民不足以使令，徒慕虛名，自弊中土，載諸史冊，為后世譏。朕以諸蠻夷小國，阻山越海，僻在一隅，彼不為中國患者，朕決不伐之。”他把朝鮮、日本、大小琉球、安南、真臘、暹羅、占城、蘇門答臘、西洋、爪哇、彭亨、百花、三佛齊、勃泥等15國列為“不征諸夷”，并載諸《祖訓》，以防“后世子孫，倚中國富強，貪一時戰功，無故興兵，致傷人命。”

但是從另一方面來看，明太祖對誤將懷良親王當成日本國王，遣使往答而使者遭其拘留二載始遣返一事，一直不能忘懷。他敕令中書省曰：“今日本蔑棄禮法，慢我使臣，亂自內作，其能久乎。”要求中書省移書將其意告諭懷良親王，“使其改過自新，轉禍為福。”至洪武十六年(1383年)，又以“通謀胡惟庸”為借口，斷絕與懷良親王的朝貢關系。此事據說起于“明州備倭指揮林賢，以罪流日本。惟庸將為亂，遣人取賢回，就借精兵四百，與僧如瑤來獻巨燭，中藏火藥、兵器，意在圖亂。事覺，磔賢于市，而絕其貢。”有關此事的真偽，在史學界頗有爭議。日本學者木宮泰彥認為：“從當時懷良親王對明朝所抱的強硬態度和日本人民從弘安以來培養起來的冒險精神來推測，是很有可能的。”另一位日本學者秋山謙藏亦持同樣看法：“這事在《明太祖實錄》中雖未見記載，然當時正值明建國創業之際，而日本國內亦正紛亂，因此發生這種事，雖程度有別，但并非不可能。”但有的中國學者卻認為：“胡惟庸的罪名，名目繁多。朱元璋在他身上除了羅織謀逆、僭越等罪之外，再來一條林賢通倭和如瑤詐貢之類的故事，是有其政治需要的。因為這樣加重罪名之后，使胡案株連更廣，可以此為據打擊更多他所要打擊的對象。”無論這些看法如何，明太祖畢竟是以此為借口，終止了與日本的朝貢貿易關系。同時，改變了原先寄希望于日本方面抑制倭寇侵擾的消極做法，轉而實行加強海防，積極防御倭寇的政策。他于洪武十七年(1384年)正月，命令信國公湯和巡視浙江、福建沿海城池，筑登、萊至浙沿海59城，以防御倭寇騷擾。洪武二十年(1387年)三月，又命令江夏侯周德興往福建，以福、興、漳、泉四府民戶三丁取一，為沿海衛所戍兵，其原置軍衛非要害之所即移置之。周德興至福建后，則按籍抽兵。相視要害可為城守之處，具圖以進。另選丁壯15000余人，筑城16，增置巡檢司45，分隸諸衛，以防御倭寇。

明成祖繼位后，遵循明太祖的遺緒，對海外諸國仍實行羈縻政策，鼓勵他們派遣使者入明朝貢。明成祖告諭禮部大臣說：“太祖高皇帝時，諸番國遣使來朝，一皆遇之以誠。其以土物來市易者，悉聽其便；或有不知避忌而誤干憲條，皆寬宥之，以懷遠人。今四海一家，正當廣示無外，諸國有輸誠來貢者聽。爾其諭之，使明知朕意。”此時在日本，室町將軍義滿已成功解決了南北朝合并問題，辭去征夷大將軍職務，升任太政大臣；而后再辭去太政大臣，退出公職，基本完成了九州地區的征霸事業，實際上已成為最高的政治權力人物。他正急于尋求建立與明朝的朝貢貿易關系，以解決國內財源枯竭的問題。據說在建文三年(1401年)，義滿就在博多一位名叫肥富的商人的勸說下，派遣該商人和自己的親信僧人祖阿為使者，攜帶國書和貢品，入明進行過朝貢。永樂元年(1403年)，義滿又遣天龍寺僧人堅中圭密為使入明朝貢。與此同時，明成祖亦命左通政趙居任、行人張洪、僧錄司右闡教道成出使日本。于是趙居任等人就偕同堅中圭密一起到日本，賜予義滿龜鈕金印及勘合百道，從此兩國重新恢復了朝貢貿易關系。

明成祖所賜的勘合，為一種朝貢貿易憑證。它始于洪武十六年(1383年)，明太祖為防止假冒使者入貢，則命禮部頒發勘合文冊，賜給暹羅、占城、真臘諸國，規定凡至中國使者，必驗勘合相同，否則以假冒逮之。據《明會典》記載，當時獲得勘合的有暹羅、日本、占城、爪哇、滿刺加、真臘、蘇祿國東王、西王、峒王、柯支、勃泥、錫蘭山、古里、蘇門答臘、古麻刺等15國。⒅由趙居任帶去日本頒賜的勘合百道，系由日字號勘合100道和本字號勘合100道，以及日字號勘合底簿2冊和本字號勘合底簿2冊組成。日字號勘合100道、日字號與本字號勘合底簿各一冊存于明朝禮部；本字號底簿一冊置于福建布政司。而本字號勘合100道、日字號勘合底簿一冊則送至日本。由日本人明朝貢的船只，每船需帶勘合一道，與福建布政司存放的底簿核對無誤后，始護送至京，再與置于禮部的底簿核對。由明朝派往日本的船只，亦需帶禮部的日字號勘合，與日本的日字號底簿核對無誤后，才準予入口貿易。每逢朝廷改元時，即將新勘合和底簿送到日本，把未用完的舊勘合和底簿收回。據說終明之世，共頒賜給日本的勘合有永樂、宣德、景泰、成化、弘治、正德6種。

其實，明成祖之所以恢復與日本的朝貢貿易關系，目的也是要求他們協助捕捉擾邊的倭寇。在這方面義滿做得比較好，他于永樂三年(1405年)十一月，派遣使者源通賢等入貢時，并獻所俘獲的擾邊倭寇，受到明成祖的嘉獎。永樂四年(1406年)正月，因義滿遵明成祖的要求，捕捉來劫掠居民的對馬、壹岐等島的倭寇，并獻所獲的倭寇魁首，盡殲其黨類。故明成祖派使者赍璽書褒諭義滿，賜白金千兩等物品，并海舟兩艘，還封其國之山曰“壽安鎮國之山”，親制御文立碑其地。永樂五年(1407)五月，義滿派遣僧人堅中圭密等來朝貢時，又獻所獲倭寇等，明成祖賜敕褒諭其“忠賢明信，恭敬朝廷，殄滅兇渠，俾海濱之人咸底安靖。”然而，明朝為抑制倭寇騷擾而對日本實行的羈縻政策，付出了巨大的經濟代價，因每次朝貢都伴隨著進行一次大宗的貿易，且不說對其貢物以高于幾倍的價值予以賞賜，即使是貢使進京，沿途往返的車、船、食宿均由官府供給，那也是一筆非常大的開支。據《日本一鑒》記載：“入朝者沿途往還，給支廩糧之外，每人肉半觔，酒半瓶……若至會同館，該光祿寺支送常例，下程每人日肉半幼、酒半瓶、米一升、蔬菜廚料；若奉欽賜下程，五日一送，每十人羊、鵝、雞各一只，酒二十六瓶、米五斗、面十二觔八兩，果子一斗，燒餅二十個、糖餅二十個，蔬菜廚料。”日本貢使在《允澎入唐記》中也記載：當他們在寧波將解纜啟程回國時，還由“市舶司給海上三十日大米，人各六斗。”當時允澎一行人貢人員多達千余名，供給的糧食總量估計應在六百石以上。鑒于這種種原因，故明朝對日本的朝貢不得不實行各種限制，如永樂二年(1404年)規定其十年一貢，船限兩艘，人限二百，違例則以寇論。宣德元年(1426年)因入貢的人、船均超過限數，運來的刀亦太多，因此重新規定貢船不過3艘，人數不過三百，刀不過三千，不許違禁。[26]但實際卻很難執行，如宣德八年(1433年)入貢的日本船5艘，刀3052把；正統七年(1442年)，入貢船9艘，人數達千余。景泰四年(1453年)入貢的船9艘，刀9900把。至于入貢人數，據上述《允澎入唐記》所載，也多達千余名。

出現這種現象的原因，大概是日明雙方對朝貢貿易的理解不一樣。對于明朝來說，實行朝貢貿易是對海外國家的一種“羈縻”手段，目的是消除“釁隙”，抑制擾邊事件的發生；而日本卻將之看作是一種營利之機，甚至成為他們國家重要的財政收入來源，如日本學者臼井信義在《足利義滿》一書中寫道：“義滿鼎盛期的北山時代最重要的財政收入來源，實際就是和明王朝的貿易。”因此，雙方在政治目的與商業利益上就形成了矛盾。日方每次派來朝貢的人員，一般是正使、副使各一人，居座、土官、通事各數人，其他還有船員、水手以及搭乘的隨從商人等等。在朝貢貿易實行初期，由于朝貢船是由幕府、大名、寺社等自己經營，故隨從的商人數量還比較少。但到了后來，朝貢船全部承包給了博多和堺港的商人，因此隨從的商人數量便大大地增多，商人已從搭乘轉變成為朝貢貿易的主體。他們不僅想通過朝貢貿易來贏取厚利，而且把某種資金的籌集也都寄托在這上面。如正統十二年(1447年)，日本京都天龍寺遭受火災后正興工重建，為籌集營建費，在景泰四年(1453年)入貢的9艘船中，最重要的3艘：1號、3號和9號船都是由天龍寺派遣。由此可見，日本派出的朝貢船是由商人承包，他們入明朝貢純粹是為了營利，故其船數、人數及貨物量不斷增多是在情理之中。而明朝卻將他們當成貢使看待，給予與普通商人不同的禮遇，分別由地方和中央政府出面接待，因此來的日本貢船過多，過于頻繁，都將造成重大的負擔。于是，明朝不得不一再重申各種限制，如嘉靖六年(1527年)強調：“凡貢非期，及人過百，船過三，多挾兵器，皆阻回。”嘉靖二十九年(1550年)再度強調：“日本貢船，每船水夫七十名，三艘共計水夫二百一十名，正副使二員，居坐六員，土官五員，從僧七員，從商不過六十人。”這里反映出來的是明朝官方與日本私商在朝貢貿易中的矛盾。

由于明朝對日本的朝貢貿易限制比較嚴，不僅船數少，而且貢期長，遠遠滿足不了日本方面的要求，故各大名、寺社經常為取得勘合，派船入明朝貢而劇烈地競爭著。這種競爭到后來終于發展成在寧波的拼殺事件——“爭貢之役”。據日本史籍記載，正德八年(1513年)日本人明朝貢使者桂悟一行返國時，明朝曾頒發給正德新勘合，交他們帶回日本，但這批新勘合并沒有送到京都足利幕府手里，而是在半途被九州的大內氏奪去。大內義興在取得這批新勘合后，即準備獨占對明貿易，一再要求足利幕府派遣之。正德十一年(1516年)四月，終于獲得了足利幕府的承認，大內氏則派出入明朝貢船3艘，由宗設謙道率領，攜帶第一、二、三號正德勘合到中國，一行于嘉靖二年(1523年)四月二十七日抵達寧波。此事當然引起其他封建領主和寺社等的不滿，其中有盤踞坍港的細川氏，也向足利幕府提出要求分享對明貿易的權利。細川氏在當時不僅擁有強大實力，而且其領地緊鄰京都朝廷和幕府所在地，故幕府不敢拒絕之。但正德新勘合又沒有送到京都，只好以過期作廢的弘治勘合交給細川氏。細川氏遂派出一艘朝貢船，以瑞佐鸞岡為正使，宋素卿為副使，于正德十五年(1520年)春由坍港啟航。因為他們航行的路線是經過土佐、日向等地，所以耽誤了幾年，直至嘉靖二年(1523年)閏三月十八日始從薩摩的山川港啟航，大概比宗設一行遲十天左右才抵達寧波。

按明朝慣例：“凡番貢至者，閱貨宴集，并以先后為序。”但寧波市舶太監賴恩因接受宋素卿的賄賂，故違例先盤閱瑞佐貢船的貨物，設宴時又讓瑞佐坐在宗設之上。宗設于是大怒，與瑞佐忿爭相仇殺，焚嘉賓堂，劫東庫，大掠寧波，奪船揚長而去。案發之后，宋素卿被捕下獄，兩年后瘐死獄中。給事中夏言奏稱此禍起于市舶，禮部則請罷市舶，明朝遂再次停止與日本的朝貢貿易關系。

至17年后的嘉靖十八年(1539年)，日本國王源義晴復遣貢使碩鼎等人明朝貢，明朝雖勉強予以接待，宴賞如例，但仍強調“貢期定以十年，貢使不過百名，貢船不過三只，違者阻回。”嘉靖二十六年(1547年)，源義晴再遣貢使周良等人貢時，則因貢期未到，貢船、人數均超過限額，而被阻在舟山群島停泊了10個月，直至次年春天貢期到后，始準許入貢。此后，日本方面因大內義隆在天文二十年(1551年)為其臣陶晴賢所殺，在紛亂中失去勘合，遂終止派遣貢船入明朝貢。

中日之間朝貢貿易關系終止后，中國東南沿海一帶全面遭到倭寇的騷擾。“數千里間受其荼毒，所焚劫子女、金帛、廬舍以數萬計，所殺將、吏、士、民以數千計，所陷城邑、衛所、鄉鎮以數十百計。”這就是歷史上所謂的“嘉靖倭患”。自此之后，明朝即嚴海禁，調兵將，在東南沿海掀起一場剿滅倭寇的大規模戰爭。至嘉靖末年，倭患基本平定后，明朝統治者不得不考慮改變原先實行的海禁政策，批準福建巡撫涂澤民的奏請，于隆慶元年(1567年)在福建漳州海澄月港部分開放海禁，準許私人申請文引，繳納餉稅，揚帆到海外貿易，而對日本的貿易卻仍然實行嚴禁。

但是，此時的中日貿易走向已發生了變化，即不像原先那樣，有眾多的日本商人來到中國沿海從事走私貿易，而反過來是大量的中國商人涌向日本貿易。出現這種變化的原因，與當時中日兩國的貿易政策演變有著密切的聯系。在中國方面，既已準許私人貿易船出洋貿易，要再像開禁前那樣禁止往日本貿易已不大可能，因往日本貿易的贏利遠遠高過往東南亞各地貿易的收益，故海外貿易商為利所誘，往往借口到其他地方貿易，待商船出海后再轉向駛往日本。即所謂的“托引東番，輸貨日本”，“以暹羅、占城、琉球、大西洋、咬留吧為名，以日本為實者，絲寶盈桁而出，金錢捆載而歸。”當時的同安名士洪朝選就描述過這種情況：“漳人假以販易西洋為名，而貪圖回易于東之厚利近便，給引西洋者不之西而之東，及其回也，有倭銀之不可帶回者，則往澎湖以煎銷，或遂沉其船，而用小船以回家。”當時任福建巡撫的許孚遠在奏疏中也寫道：“同安、海澄、龍溪、漳浦、詔安等處奸徒，每年于四、五月間告給文引，駕駛鳥船稱往福寧卸載，北港捕魚，及販雞籠、淡水者，往往私裝鉛硝等貨潛去倭國，徂秋及冬，或來春方回。亦有藉言潮、惠、廣、高等處糴買糧食。徑從大洋人倭，無販番之名，有通倭之實。”