1863年，曾國荃率湘軍攻陷雨花臺，水師也進泊護城河，天京(今南京)被合圍。緊接著，1864年6月，洪秀全因病逝世。

洪秀全逝世后，李秀成輔佐幼天王洪天貴福，帶領(lǐng)三四千名戰(zhàn)士又堅守了天京一個半月。湘軍在靠近太平門的城墻根下開始偷偷地挖掘地道，埋設(shè)炸藥。7月19日，湘軍引爆了炸藥，將城墻轟倒20余丈，由缺口處蜂擁而入。盡管太平軍連續(xù)組織了幾次反擊，但均未成功。

湘軍沖入天京后，隨即展開了一場瘋狂的燒殺、掠、淫的大競賽。“見人即殺，見屋即燒，子女玉帛，掃數(shù)悉入于湘軍”;致令“秦淮長河，尸首如麻”。

燒：湘軍一進城就到處放火。沖到哪里火就燒到哪里。及至當(dāng)時傍晚時分，全城已經(jīng)變成一片火海，“煙起數(shù)十道，屯結(jié)空中不散，如火山，紫絳色。”湘軍除用火作為進攻的武器外，還用火作為滅跡的手段。每次當(dāng)他們搶掠完一處王府或民宅后，便隨即付之一炬。這場大火自天京陷落之日起，此落彼起地一連燒了七、八天，直到27日下了一場大雨才被澆滅。大火過后，南京城內(nèi)十之八九的房屋被燒掉，各種著名的建筑物和文物古跡幾乎毀壞殆盡。所以現(xiàn)存的不少古建筑物，都是后來修建的。

殺：這是湘軍入城后的“主要任務(wù)”。他們首先要殺害的是在城內(nèi)仍繼續(xù)進行堅決抵抗的太平軍戰(zhàn)士，其次是老百姓。但被殺害的太平軍戰(zhàn)士畢竟有限，因為破城時，天京城內(nèi)能作戰(zhàn)的太平軍只有三四千人，他們一部分在巷戰(zhàn)中英勇犧牲，一部分在混亂中沖出天京，另一部分千余人在李秀成帶領(lǐng)下為保護幼天王突圍了，所以被殺的絕大部分都是平民百姓。其實，攻陷天京的當(dāng)天晚上，湘軍就基本上控制了整個城市。雖然有幾個王府仍在進行抵抗，并一直繼續(xù)了四五天，但總的說來戰(zhàn)爭狀態(tài)已經(jīng)結(jié)束了。可是，這場大屠殺卻一直持續(xù)了10余天。

殺人的動機各不相同，但主要是為了達到搶劫財物和奸淫婦女的目的。關(guān)于這場屠殺，趙烈文(曾國藩的心腹幕僚)當(dāng)時在他的日記中曾有過記載。他說，城破5日之后，仍然是“尸骸塞路，臭不可聞”;又說“計破城后，精壯長毛除抗拒時被斬殺外，其余死者寥寥。大半為兵勇扛抬什物出城，或引各勇挖窖，得后即行縱敵。城上四面縊不老廣賊匪不知若干。其老弱本地人民不能挑擔(dān)又無窖可挖者，盡情殺死。沿街死者十之九皆老者，其幼孩未滿二三歲者亦斫戮以為戲，匍匐道上。婦女四十歲以下者一人俱無，老者無不傷，或十余刀，數(shù)十九，哀號之聲達于四遠。其亂如此，可為發(fā)指。”

那么，湘軍入城后，到底殺了多少人呢？據(jù)英人吟唎在《太平天國革命親歷記》中說：大約有3萬多人，且都是無辜的男、女、兒童。曾國荃自己稱為邀功請賞而虛報數(shù)字，但城破后被殺的人當(dāng)數(shù)以萬計。

搶：對于天京的財物，湘軍是垂涎已久的。他們圍困天京以來，寧可忍受缺糧乏餉的煎熬冒著酷署苦戰(zhàn)，一個重要的原因，就是盼望破城之后好大發(fā)一筆橫財，因而一進城就開始了肆無忌憚的搶劫。他們先挖王府，再挖地窖，接著就挨家逐戶地搜搶居民財物，直到掘墳盜墓，甚至連不少建筑物上的木料也被拆下來，從高墻上吊出，裝船運回湘南。為了搶掠財物，他們殘殺了大批的居民。在搶劫的過程中，士兵之間也不斷發(fā)生爭斗。城破10余日內(nèi)，街上經(jīng)常出現(xiàn)湘軍士兵成群結(jié)隊火并的情景。不僅攻城部隊橫行無忌，四出搶劫，連留在城外看守營寨的老弱兵勇也空營而出，入城參加搶劫。甚至負(fù)責(zé)警衛(wèi)曾國荃司令部的兵勇和各棚長夫廝役等非作戰(zhàn)人員也都進城搜刮財貨，肩挑手提，成群結(jié)隊，一日往返數(shù)次。有些文員幕客，因為是文人，沒有參加搶掠，但看到士兵們個個腰纏手提，又很眼紅;于是紛紛用低價爭購士兵搶來的贓物。“各員自文案以至外差諸人，則人置一簏，有得輒開簏藏納，客至則側(cè)身障之，丑態(tài)可掬。”

淫：湘軍在燒、殺、搶的同時，還肆意糟蹋婦女。他們隨意闖入民宅奸淫婦女，光天化日之下，公然在大街上拽曳青年女子，“哀號之聲不忍聞”。凡40歲以下的婦女，幾乎全被他們奸淫或擄掠回湘南販賣。一時長江上下，到處是湘軍滿載贓物和婦女的船只，在震天動地的哭罵聲中押向湖南。許多老年人為救護自己的女兒或兒媳，許多幼兒因哭喊著和媽媽難舍難分而遭殺。

天京浩劫的制造者和罪魁禍?zhǔn)资窃鴩推浒茉鴩跫捌溆H信將領(lǐng)。他們在整個過程中，不僅不對部下的胡作非為稍加制止，而且不少人還都親自參與。曾國荃“也子此中獲資數(shù)千萬”，“除報效若干外，其余皆輦于家。”

經(jīng)過這樣的浩劫，天京幾乎變成一片廢墟。滿目殘墻斷壁，遍地破磚爛瓦。連曾國藩自己也不得不承認(rèn)說，自五季之后生靈涂炭殆無逾于今日。李鴻章署理兩江總督后，面對這幅殘破景像也感到“善后無著手”，說“一座空城，四周荒田”，“無屋、無人、無錢是管，葛居此亦當(dāng)束手”，似居百年之后度舊。其殘破可想而知。

天京解圍戰(zhàn)失敗后，李秀成被“嚴(yán)責(zé)革爵”。不久，洪秀全責(zé)令他領(lǐng)兵渡江，西襲湖北，意圖調(diào)走天京的圍敵。1862年12月，第一批太平軍數(shù)萬人從天京下關(guān)渡江，占含山、巢縣、和州。1863年2月底，李秀成率第二批部隊渡江，并于3月占浦口，4月占江浦。進入皖北后，太平軍受到湘軍節(jié)節(jié)抵御，屢攻不克。進至六安后，正值青黃不接，糧食奇缺，加之清軍防堵甚嚴(yán)，李秀成就放棄了原定進軍計劃，于5月19日撤了六安之圍，折往壽州，隨即東返天京。

這時，圍困天京的湘軍已增至3 萬余人，并于6月13日占領(lǐng)了聚寶門外各石壘。洪秀全又急令李秀成速回天京。6月20日，李秀成率部由九洑洲南渡抵京。在南渡過程中，太平軍被湘軍炮火打死和因饑餓而死者甚眾，渡至南岸進入天京城內(nèi)的太平軍不到一萬五千人。6月25日，湘軍又攻陷江浦、浦口，30日陷九洑洲，太平軍又損失二萬余人。至此，長江北岸完全被清軍占領(lǐng)。太平軍實力進一步被削弱，天京解圍的希望也更加渺茫了。與此同時，蘇浙戰(zhàn)場也在淮軍的洋槍隊、左宗棠部湘軍的進攻下趨于瓦解。

湘軍于1863年6月底攻破九洑洲，控制了長江北岸后，鮑超部南渡，扎營神策門(今中央門)外沿江一帶。9月，曾國荃部攻占天京城東南的上方橋和城西南的江東橋，11月上旬又連續(xù)攻占了城東南的上方門、高橋門、雙橋門、七橋甕以及秣陵關(guān)、中和橋，太平軍在紫金山西南的要點全部失守。

11月25日，曾國荃進扎城東孝陵衛(wèi)。這時，湘軍已攻陷天京外圍的所有城鎮(zhèn)要點，天京城只有太平門、神策門尚與外界相通。外援?dāng)嘟^。李秀成于12月21日向洪秀全建議：鑒于湘軍壕深壘固，圍困甚嚴(yán)，天京內(nèi)無糧草，外援難至，不如棄城別走。洪秀全拒絕了，太平天國的最后一線希望喪失了。

1864年2月28日，湘軍攻占了紫金山巔的天保城。3月2日，曾國荃部進駐太平門、神策門外，完成對天京實現(xiàn)了合圍。3月14日，曾國荃部用云梯攻城，但未得逞。從4月開始，湘軍在朝陽、神策、金川門外挖掘地道十余處，準(zhǔn)備轟塌城墻。太平軍一面組織力量從城內(nèi)對挖，進行破壞，一面構(gòu)筑月城，以便城墻轟塌后繼續(xù)組織抵抗。

1864年6月1日，天王洪秀全病逝(一說自殺)，終年51歲。此后，天京人心愈加不穩(wěn)。幼天王洪天貴福即位，一切軍政事務(wù)統(tǒng)歸忠王李秀成執(zhí)掌。

7月3日，湘軍攻占天京城外最后一個據(jù)點地保城(即龍脖子)，從而能夠居高臨下，監(jiān)視城內(nèi)動靜。湘軍在龍脖子山麓修筑炮臺數(shù)十座，對城內(nèi)日夜轟擊，壓制太平軍的炮火，掩護挖掘地道。同時，在龍脖子山麓與城墻間大量填塞蘆葦、蒿草，上覆沙土，高與城齊，為攻城鋪平道路。半個月后，湘軍攻城準(zhǔn)備基本完成。

李秀成見湘軍攻城在即，于7月18日深夜，選派千余人偽裝湘軍，沖出城去，企圖破壞太平門附近的地道。結(jié)果被湘軍識破，只得退回城內(nèi)。

7月19日晨，湘軍擔(dān)任主攻任務(wù)的部隊齊集太平門外。中午，湘軍用地雷轟塌城墻，蜂擁而入。太平軍紛紛以槍炮還擊，雖給清軍以重大殺傷，但沒能擋住湘軍的攻勢。與此同時，湘軍水師各營會同陸師奪取了水西、旱西兩門。傍晚前后，天京全城各門均為湘軍奪占。天京城內(nèi)守軍與入城湘軍展開巷戰(zhàn)，大部分戰(zhàn)死，一部分自焚，十余萬人沒有一個投降的。

天京的陷落，標(biāo)志著太平天國運動的失敗。

湘軍進入天京(今南京)后，見人就殺，見屋就燒，見財物與女子就搶。直殺得天京城內(nèi)血流成河，尸體涌進長江，幾乎使江水不流。據(jù)曾國藩記載，湘軍“分段搜殺，三日之間斃賊共十余萬人。秦淮長河，尸首如麻”，“城內(nèi)自偽宮逆府以及民房悉付一炷”，“萬室焚燒，百物蕩盡，而貢院幸存”， “自五代以來，生靈涂炭，殆無愈于今日。” 這次屠殺，是歷來南京災(zāi)難中最慘烈的一次。屠城、焚燒城后，南京連一棵完整的樹都找不到了。

上述日屠殺量超過了1937年使用機槍、大炮、炸藥的日軍。固然現(xiàn)在評價太平天國農(nóng)民運動有其局限性和殘酷性，但是這不應(yīng)該成為湘軍屠殺男女老幼、糟蹋婦女的借口。曾國藩的幕僚趙烈文在《能靜居日記》記載：“沿街死尸十之九皆老者。其幼孩未滿二三歲者亦斫戮以為戲，匍匐道上。婦女四十歲以下者一人俱無，老者無不負(fù)傷，或十余刀，數(shù)十刀”。

清人記載：“金陵之役，伏尸百萬，秦淮盡赤;號哭之聲，震動四野。”所謂伏尸百萬，除了戰(zhàn)死者，就是曾國藩在城內(nèi)外屠殺的平民。“皖南及江寧各屬，市人肉以相食，或數(shù)十里野無耕種，村無炊煙。”顯然這次屠殺最保守估計也應(yīng)該在50萬人以上，清人所說的伏尸百萬也是有可能的。而屠城和對城市的毀壞程度也是歷史之冠。

太平天國強盛時，南京城最多有100萬人。可到光緒登極的1875年，人口還不到50萬。后來李鴻章署理兩江，認(rèn)為南京城需要百年方可恢復(fù)。曾國藩因為在南京的屠殺手段殘暴，被人們稱為“曾剃頭”、“曾屠戶”。據(jù)說，現(xiàn)在南京小孩夜哭，媽媽說“曾剃頭來了”，小孩就不哭了。

曾國藩于1872年在南京去世。但曾國藩的口碑卻從1980年代開始好轉(zhuǎn)，還成為很多中國人贊揚與崇拜的對象。