清查土地

1578年(萬歷六年)，張居正以福建為試點，清丈田地，結果“閩人以為便”。于是在1580年(萬歷八年)，張居正上疏并獲準在全國陸續展開清丈土地，并在此基礎上重繪魚鱗圖冊。全國大部分地區根據戶部頒布的《清丈條例》對田地進行了認真的清丈，但也有一些地方官吏縮短弓步，溢額求功。如浙江海鹽“水涯草塹，盡出虛弓，古冢荒塍，悉從實稅。至于田連阡陌者，力足行賄，智足營奸，移東就西，假此托彼。甚則有未嘗加弓之田，而圖扇人役積尺積寸，皆營私窖。遂使數畝之家，出愈增而田愈窄焉。”然而由于大部分州縣清丈徹底，革豪右隱占，額田大有增加。萬歷八年，全國田地為7，013，976頃，比1571年(隆慶五年)增加了2，336，026頃。隨著額田的增加，加之打擊貴族、縉紳地主隱田漏稅，明朝田賦收入大為增加。盡管張居正清丈田畝、平均賦稅的做法被海瑞等人認為是下策，并不能真正解決民間賦稅不均的問題。但從理財的角度看，清丈田畝對于朝廷比較全面準確地掌握全國的額田，增加財政收入起了積極作用，更為重要的是它還為不久推行“一條鞭法”的賦稅改革創造了條件。

一條鞭法

為了進一步改變嚴重的賦役不均，減輕無地或少地的農民的浮稅，適應社會經濟發展的新形勢，張居正在清丈土地的基礎上，實行了賦役制度改革。萬歷九年(1581年)，張居正通令在全國推行“一條鞭法”。這是自唐朝行“兩稅法”以來，中國賦稅史上的又一次大改革。

“一條鞭法”，又稱“條編法”，其主要內容有：統一役法，并部分地“攤丁入地”。把原來的里甲、均徭、雜泛等項徭役合并為一，不再區別銀差和力役，一律征銀。一般民人不再親自出力役，官府需要的力役，則拿錢雇人應差。向百姓征收的役銀也不再像過去按照戶、丁來出，而是按照丁數和地畝來出，即把丁役部分地攤到土地里征收，這就是所謂“攤丁入地”;田賦及其他土頁方物一律征銀;以縣為單位計算賦役數目;賦役銀由地方官直接征收，以減少各種弊病。

一條鞭法的實行，在中國賦役制度改革發展的歷史進程中具有劃時代的意義。

對糧食宏觀控制

同時王國光出任戶部尚書后，立即對全國糧食進行宏觀控制。

當時，明朝人口不斷增長，邊疆戰事不斷，內地也時有農民起義爆發，因此管好糧倉具有相當重大的意義。

為緩解矛盾，王國光對糧食精打細算、全面控制。他推行“天下撫按官”的辦法，對各個糧食渠道統籌安排，將糧食出入大權牢牢地掌握在國家手中，對緩解糧食緊張起到了十分關鍵的作用。

王國光還設“坐糧廳”，專門負責軍糧的督辦，大大方便了諸軍，又將散隸諸司的全國錢谷歸并，減少不必要的浪費。

這些改革措施行之有效，立竿見影，受到朝廷的稱贊，后形成定制。萬歷四年，王國光將在實際工作中總結出來的各條輯成《萬歷會計錄》。這部被神宗贊許為“留心國計”的專集，后來成為張居正推行“一條鞭法”改革賦稅制度的理論依據，乃至成為明清兩代田賦的準則。

治理水利

萬歷六年(1578年)，張居正推薦、起用先前總理河道都御史潘季馴治理黃河、淮河，并兼治運河。潘季馴在治河中貫串了“筑堤束沙，以水攻沙”的原則，很快取得了預期的效果。萬歷七年二月，河工告成，河、淮分流。計費不足50萬兩，為工部節省資金24萬兩。徐州、淮安之間800余里的長堤平等蜿蜒，河水安流其間。因而，“田廬皆盡已出，數十年棄地，轉為耕桑”。黃河得到治理，漕船也可直達北京，“河上萬艘得捷于灌輸入大司農矣”。