吳祿貞生于一個(gè)知識(shí)分子家庭，家有薄田10畝，父親為私塾老師。少年時(shí)，吳祿貞就讀于父親在武昌的夢(mèng)澤書屋，他擅長(zhǎng)詩文，對(duì)西學(xué)充滿興趣，性格豪爽，少有大志，8歲時(shí)，曾寫下對(duì)聯(lián)：“一拳打倒亞細(xì)亞，兩腳踢翻歐羅巴”。

1895年父吳利彬去世，其被迫到湖北織布局當(dāng)童工。后因?yàn)榕けР黄剑创蚬ゎ^而離開。1896年懷著為國(guó)雪恥的志愿，入湖北新軍工程營(yíng)當(dāng)兵，后又考入湖北武備學(xué)堂。與孫武、傅慈祥等志同道合的愛國(guó)青年成為摯友。他的《投筆從戎爭(zhēng)先赴》令張之洞十分贊賞有加，被大量油印，在新軍軍營(yíng)和武備學(xué)堂內(nèi)廣為散發(fā)。

1898年，被張之洞推薦入日本士官學(xué)校學(xué)習(xí)陸軍騎兵科深造，成為我國(guó)留日第一期士官生。在校結(jié)識(shí)了張紹曾、藍(lán)天蔚，三人學(xué)習(xí)成績(jī)突出，志趣不凡，后來被人們稱為“士官三杰”。他看到明治維新后的日本在戰(zhàn)敗中國(guó)之后飛速發(fā)展，大為震驚，痛感非改革政治、傾覆清室，不能轉(zhuǎn)弱為強(qiáng)。決心以革命排滿為己任，走上革命道路。留日期間，吳祿貞除了刻苦學(xué)習(xí)軍事知識(shí)，對(duì)于西方民主思想也多有參研，并發(fā)起組織了留日學(xué)生的第一個(gè)愛國(guó)團(tuán)體“勵(lì)志會(huì)”。后吳祿貞在橫濱拜訪了孫中山，被孫中山的革命思想所吸引，加入興中會(huì)。

1900年，義和團(tuán)運(yùn)動(dòng)爆發(fā)。孫中山?jīng)Q定在珠江、長(zhǎng)江流域乘勢(shì)起義，派吳祿貞、傅慈祥秘密回國(guó)，與唐才常共同謀劃。吳祿貞和秦力山指揮的自立軍前軍為庚子年長(zhǎng)江流域大舉中唯一發(fā)難者。自立軍起義失敗后，吳祿貞重返日本。

1901年冬，吳祿貞從士官學(xué)校畢業(yè)，回到武昌后，被張之洞扣押。在審訊時(shí)，張之洞反被吳祿貞說服，委他以重任，任武昌武普通學(xué)堂教習(xí)、會(huì)辦，一時(shí)轟動(dòng)武漢。吳祿貞利用職務(wù)之便并繼續(xù)從事革命活動(dòng)，廣泛撒播革命火種，秘密翻印陳天華的《警世鐘》、《猛回頭》等革命書刊，散發(fā)到學(xué)堂、軍隊(duì)。創(chuàng)建了國(guó)內(nèi)第一個(gè)秘密組織“花園山聚會(huì)”，倡導(dǎo)“秀才當(dāng)兵”，使得一批具有新思想的知識(shí)分子從軍，大大加強(qiáng)了軍隊(duì)本身的文化程度。

1903年，吳祿貞應(yīng)黃興邀請(qǐng)，同李書城、耿覲光等人前往長(zhǎng)沙與黃興、宋教仁、陳天華等在湖南發(fā)起組織華興會(huì)，積極協(xié)助黃興制訂在長(zhǎng)沙起義的計(jì)劃，籌劃湖南獨(dú)立。恰逢此時(shí)，清廷在北京設(shè)立練兵處編練新軍，急需用人，吳祿貞被在日本士官學(xué)校的好友良弼舉薦獲準(zhǔn)。黃興勸他“投身中央，伺隙而動(dòng)”，吳遂北上就職。1904年5月奉調(diào)入京，任練兵處軍學(xué)司訓(xùn)練科馬隊(duì)監(jiān)督。在京期間，仍與湖北志士暗中聯(lián)系。劉靜庵被捕后，他曾竭力援救。

1906年赴新疆伊犁考察新軍。因忤陜甘總督升允，被撤去監(jiān)督差使，被扣留于蘭州。

1907年7月，徐世昌任東三省總督，吳祿貞隨行任軍事參議。此時(shí)，日本制造輿論，妄圖以吞并中國(guó)“間島”地區(qū)。吳祿貞提出“籌邊之道，貴在知邊”，為徐世昌所接納，被派往延吉調(diào)查邊務(wù)，任延吉邊務(wù)幫辦。8月，吳祿貞得到日人已在間島附近集結(jié)的消息，立即召開會(huì)議，與當(dāng)?shù)孛駡F(tuán)首領(lǐng)韓登舉取得聯(lián)系。經(jīng)過妥善布置，吳祿貞向日人頭目齋藤季治致信，要求交涉。交涉當(dāng)日，韓登舉率隊(duì)伍遠(yuǎn)遠(yuǎn)布陣，齋藤以為中方早有準(zhǔn)備，心中忐忑，不得不引手下撤出中國(guó)邊境，嘆曰：“中國(guó)尚有人在，如吳祿貞者，不可欺也。”之后，吳祿貞在徐世昌支持下主持編寫了《延吉邊務(wù)報(bào)告書》，并繪有《延吉邊務(wù)圖》。后來中方以此為談判的重要依據(jù)，終于讓日軍徹底退出了間島地區(qū)。

1908年11月，吳祿貞回京不久，日人又開始制造糾紛，清廷再次調(diào)吳祿貞前往延吉。1909年5月升延吉邊務(wù)督辦，并任陸軍協(xié)都統(tǒng)。1909年9月4日，《圖們江中韓界務(wù)條款》在京簽訂，堅(jiān)持了中韓以圖們江為界河的歷史事實(shí)，吳祿貞因間島功績(jī)，被譽(yù)為“間島英雄”！

光緒、慈禧相繼亡故后，攝政王載灃企圖削弱袁世凱軍權(quán)，故于1910年調(diào)吳祿貞入京，孫中山、黃興對(duì)此相當(dāng)重視，李書城也建議吳祿貞爭(zhēng)取外放，以便更好進(jìn)行革命工作。吳祿貞用同盟會(huì)提供的巨款活動(dòng)奕劻成功，謀得駐扎保定的新軍第六鎮(zhèn)統(tǒng)制之職。新軍第六鎮(zhèn)是袁世凱的嫡系部隊(duì)，原統(tǒng)制為段祺瑞，軍中大小官員皆是袁世凱親信，對(duì)于吳祿貞的上任充滿了敵視。

1911年，武昌起義爆發(fā)，陸軍大臣蔭昌調(diào)第六鎮(zhèn)李純所部南下，吳祿貞請(qǐng)求隨軍南下卻被清廷拒絕。這時(shí)，屯兵灤州的張紹曾舉行兵諫，要求雙方停戰(zhàn)、清政府實(shí)行立憲。清政府派吳祿貞前往平息，吳祿貞到了灤州后卻鼓動(dòng)張紹曾起義，策應(yīng)武昌起義，顛覆清王朝，張紹曾猶豫不決。

武昌起義后，赴灤州約張紹曾等舉兵反清，又赴石家莊與山西革命黨聯(lián)系，擬聯(lián)合北方新軍直搗北京。后由奸細(xì)告密未成。他斷然截留北洋軍運(yùn)往湖北的軍火，并電奏清廷，要求停止進(jìn)攻漢口。清廷懷疑其為革命黨，但又不敢貿(mào)然將其撤換，特授予署理山西巡撫以籠絡(luò)。

隨即山西也爆發(fā)了革命，閻錫山被推為山西革命軍都督，清廷調(diào)吳祿貞率第六鎮(zhèn)前往鎮(zhèn)壓。吳祿貞卻在娘子關(guān)與閻錫山會(huì)談，組建“燕晉聯(lián)軍”，商定于11月7日共討北京。11月2日，吳祿貞向清廷謊稱山西民軍已接受招安，并以“消弭戰(zhàn)爭(zhēng)”為由在石家莊扣留了北洋軍運(yùn)往湖北的軍火，吳祿貞的舉動(dòng)令清廷產(chǎn)生了懷疑。袁世凱指使其死黨周符麟用二萬元收買了吳部下馬步周和其他幾個(gè)軍官。11月7日凌晨，馬步周率幾名打手闖進(jìn)吳的住所將其槍殺，然后又割下吳祿貞的首級(jí)，以便向主子請(qǐng)功。吳祿貞就這樣被袁世凱秘密買兇殺死，年僅31歲。

民國(guó)成立后，孫中山特頒第一號(hào)撫恤令，謚吳祿貞為大將軍，于1912年3月14日在上海張園召開吳祿貞追悼會(huì)，親筆寫下悼詞“蓋世之杰”以緬懷這位壯志未酬的青年才俊。孫中山在祭文中寫道：“代有偉人，振我漢聲。觥觥吳公，蓋世之杰，雄圖不展，捐軀殉國(guó)……”，