大清王朝從建立之初開始，就有一條很重要的國策，那就是滿蒙聯姻。其實這項政策，早在大清還未建立，努爾哈赤時期就已經定下來了。那個時候，努爾哈赤起兵攻打明朝，又怕蒙古族人在背后捅刀子。如果硬起來，和蒙古族硬拼，先解決掉蒙古麻煩，先不說能不能打敗，就算打敗了，肯定也會消耗建州大部分的力量。所以思考再三，為了能夠更順利的征討明朝，努爾哈赤選擇了以懷柔政策來對待蒙古。

努爾哈赤選擇了與蒙古族結盟，而古時候結盟，不像是現代簽合同，有法律的保證。那個時候就算是簽了協議，也能夠隨時撕毀，所以結盟最好的見證，就是聯姻。與其說聯姻是聯絡兩部的關系，不如說是給兩個部落之間上一層，大家都喜聞樂見的保險。因此選擇了這么一項政策，建州就開始和蒙古各部聯姻。

這種滿蒙聯姻的政策，到了皇太極當政期間，更為明顯。科爾沁蒙古與建州接壤，而且兩地間的習俗，最為相近，所以那個時候建州與蒙古聯姻最多的就是科爾沁蒙古。以皇太極為例，他的第三任大福晉就是科爾沁的女人，名博爾濟吉特。哲哲。皇太極的后宮，是最能體現這種政策的。哲哲嫁給皇太極多年后，一直沒有生下一個兒子，沒有生下一個具有兩部共同血脈的繼承者。于是皇太極又娶了哲哲的侄女，博爾濟吉特。

布木布泰，也就是歷史上著名的孝莊太后。在孝莊多年來也只生下一個女兒的情況下，皇太極又將布木布泰的姐姐，海蘭珠娶回來。一連娶了三個科爾沁的女子，而這種情況，也是等到布木布泰生下順治帝之后，才停止。而在這期間，也不只是蒙古的女人，嫁到建州。建州的女子，也會被送往蒙古。就拿哲哲生的三個女兒來說，全都嫁給了蒙古部落貴族，為滿蒙之間的和諧做貢獻。

清軍入關，到了順治帝的后宮，蒙古族的女人還是占據大多數。又因為有孝莊這么一層原因，所以順治帝的皇后，注定了就只有科爾沁的女子能當。但是也許是因為順治帝幼年登基，而不管他親政與否，頭上都有多爾袞這么一個攝政王在上面壓著，所以他極其厭惡這種被擺弄的生活。

再加上，多爾袞和孝莊之間傳出的流言蜚語，更讓他在心底里，對自己的母親有一種反叛性。所以孝莊的這一安排，對順治來說，是很難忍受的。而他反叛的表現，就在于對蒙古女子的那種厭惡。

順治帝先是廢除了第一任蒙古皇后，本來以為這就算了。哪知道孝莊又讓蒙古給他送來了一個皇后，這就是孝惠章皇后。說到這里就可以看出，孝惠章皇后和順治帝之間的關系了，這兩個人之間，肯定是不慕的。博爾濟吉特氏比順治帝小3歲，雖然年輕貌美，但過于忠厚老實，不善逢迎，所以入宮后并不得寵。

等到后來，董鄂氏入宮之后，順治帝更是哪哪兒都看她不順眼。多次想要將她的皇后之位廢除，讓董鄂氏入主中宮，要不是有孝莊攔著，怕是已經成行。

雖然與順治帝之間的關系，可以說是冷到了冰點，但是孝惠章皇后與康熙之間的關系，還是能夠說的過去的。順治帝死的時候，玄燁年幼，更是坐上皇帝的寶座。

沒了父親的玄燁，日常教導，都是由孝莊安排。孝莊不僅選擇有才之人，教導玄燁帝王之道。同時也通過自己給予玄燁家庭溫暖，以及為人的道理。

孝惠章皇后在這段期間，也幫助孝莊教導玄燁。她與玄燁之間，雖然不是親生的母子關系，但不是親生勝似親生。在他們相處期間，玄燁待孝惠章皇后極為恭敬，玄燁到外地巡游時，多次奉皇太后同行。后來通過共同經歷了孝莊的去世之后，兩人之間的感情愈加深厚。等到孝惠章皇后重病離世，康熙甚至割辯以示哀痛之情。而這種行為，也只在孝莊去世后做過。所以這兩人之間，其實是建立了很深厚的親緣關系的。