211年，吳大帝孫權在石頭山金邑舊地筑石頭城。229年在此建都，名“建業”，都城周長約11公里，開始了南京的都城史。晉滅吳后，于太康三年(282年)改建業為“建鄴”。建興元年(313年)，為避司馬鄴之諱，改為“建康”。五胡亂華，西晉滅亡，中原士族衣冠南渡，建武元年(317年)司馬睿以建康為都建立東晉(317～420年)，南京從此成為正統中華文化的中心。東晉以后，宋(420～479年)、齊(479～502年)、梁(502～557年)、陳(557～589年)相繼在此建都，史稱南朝。南朝與此前的吳、晉合稱“六朝”。南京城西北瀕臨長江，東有“龍盤”紫金山，西有“虎踞”清涼山，北有玄武湖，南有雨花臺，山水環抱，形勢極為險要。

關于南京的風水，當年蜀國軍師諸葛亮順江而下時，看到金陵古城，不禁失聲驚叫：“鐘山龍蟠，石頭虎踞，真乃帝王之宅也！”東晉大臣王導也曾說：“建康，古之金陵。”然而，十分奇怪的是，這座王氣旺盛的古城，定都于此的六個王朝，卻都短命，東吳69年，東晉102年，南朝宋59年，齊23年，梁55年，陳32年。后來，明初定都于此，一世而終，僅僅50余年。太平天國建都南京，維持了9年;有人認為，楚王埋金以鎮王氣，風水沒了;有人認為，是秦始皇斬斷地脈，斷了龍氣。這是怎么一回事呢？

春秋戰國時期，南京城還沒有成為城的時候，先是吳王的屬地，后來被越王占領。接著，楚王又趕走越王，駐軍江邊的獅子山。有一次，楚王巡視自己的疆土，登上獅子山，環望四周，看到此處風景雄麗，喜悅之情油然而生。可是突然，楚王的臉色由晴轉陰。大臣們忙問原因，楚王煩躁地說：“這地方風景雖好，但王氣太盛！”大臣們表示要想法子解決這個問題，不能讓這里再出帝王，于是征集解決這個問題的辦法。有一巫師來應征，設計了一個方案，即在獅子山上埋一批黃金，用黃金鎮壓此地的王氣，可保不再出帝王，此乃黃金“鎮王氣”。楚王同意后，大臣們馬上操辦在獅子山頂挖坑砌磚，埋下一批黃金。

按皇家習慣，一般地上的建筑物稱為宮，地下的建筑物稱為陵，埋金子的地方自然就叫“金陵”了。這個地方最早的名字就是叫“金陵邑”，“邑”是比“州”級別低點，比“縣”級別高點的軍事重鎮的建制。從此，這個地方就有了金陵的名字。

還有一種說法是秦始皇斬斷地脈，斷了龍氣。

公元前210年，秦始皇出巡金陵。秦始皇深深被這里虎踞龍盤的氣勢所吸引。但是，陪同左右的是方士常生、仙導卻沉默寡言。秦始皇問：“金陵形勝，氣象萬千，兩位何故沉默寡言？”兩位方士憂心忡忡地對秦始皇說：“金陵地形險要，氣勢磅礴，乃龍脈地勢，王氣極旺，若不采取對策，五百年后會有天子坐鎮！”

秦始皇大驚失色，他自認為自己是始皇帝，自己的子子孫孫永為天下一統的皇帝，怎能容忍金陵有別的天子出現？于是趕緊詢問對策。兩位方士指著不遠處的方山說：“方山地處金陵東南，你看，方山頂部平坦如官印，人稱天印山。天印，自然是上天賞賜的官印，決定了金陵之地的王氣興衰和吉祥命運。斷了方山龍脈，就是阻隔了金陵的王氣。再引淮水貫穿金陵，通達長江，讓這條秦淮河沖盡王氣，陛下就可以高枕無憂，皇帝之位千年萬世、萬萬世了！”

秦始皇見金陵城北的獅子山、馬鞍山氣勢宏偉，于是命令將此兩座山也斷了山脈，并將金陵改稱為秣陵。秣陵意為飼馬的草料場。在秦始皇的命令下，大量軍士開始了行動，方山被截斷，淮水也貫穿了南京城。

當然，這兩種說法只是傳說。南京之所以沒有出現定都于此的強大王朝，還有更為深刻的地理、經濟、人文的原因。從地理上來說，南京依山傍水，虎踞龍盤，易守難攻。在此處建都的天子們，一開始就著眼于“守成求穩”，缺乏攻略開拓，問鼎中原的進取雄心。而且南京處于整個中國的東南一隅，一道長江“天塹”把它與遼闊的北中國隔斷，最易于偏安茍且。

從經濟上來說，江南向來為魚米之鄉，富庶的經濟條件反給統治者提供了加速腐敗的溫床，使“后主”們沉醉于“車如流水馬如龍，花月正春風”的“上苑”。除了地理、經濟等外部因素外，定都南京的幾個王朝，都沒有問鼎中原、統一中國的決心和實力。也許正是這種種原因，使得六朝短命而亡。