1906年，醇親王載灃，也就是溥儀他爹、后來的攝政王檢閱北洋新軍，結果北洋軍沒事先被安排喊別的口號，依舊喊“我們吃袁宮保、穿袁宮保、為袁宮保賣命”的口號，這一喊可就把載灃給喊急了，回去后立馬向慈禧講軍中只知有袁宮保不知有太后、皇上這種情況很危險，以后必然是個大麻煩，把慈禧也說得也后怕了，隨后不久袁世凱被慈禧從直隸總督調任軍機大臣兼外務部尚書，用明升暗降的方式把袁世凱調離了老巢。當時清廷最頭疼的問題首先就是與洋人打交道，外務部在這個背景下也成為朝廷中最重要的部門，袁世凱調任外務部尚書之后，盡管他依然面臨著同僚們的明爭暗斗，但他的上任還是很快給清廷的外交帶來嶄新的氣象。

比如1907年美國總統老羅斯福宣布退還清廷的庚子賠款，清華在當時就是用這個退換的賠款建的留美預備學校。袁世凱借這個機會還跟美國初步達成了協議，將兩國的外交關系由公使級提高到大使級，這也是清廷的首個與列強的大使級關系，不僅一舉提高了清廷的國際地位，同時也為清廷與其他國家的外交提供了榜樣。袁世凱雖然在軍機大臣和外務部尚書的職位上僅停留一年半的時間，自己也一直謹言慎行，但即使是這樣，一場突如其來的變故還是差一點把他打入萬劫不復的深淵。

1908年秋，慈禧太后病倒，很快又傳來年輕的光緒皇帝也隨著太后一病不起的消息，陰暗的恐懼開始在京城里蔓延，最終在11月14日，慈禧光緒兩人在不到24小時內相繼去世。隨后的12月2日，溥儀繼位，改號宣統，其父載灃以監國攝政王的身份總理朝政。這下載灃當權之后可就要辦袁世凱了，載灃的智囊團很快就對除掉袁世凱取得了一致的意見，其實不僅是袁世凱，載灃在上臺之后實行的政策一直是提拔滿臣而大舉打壓漢臣的策略，現在不辦掉袁世凱，后來也會這么干。但當朝有兩位重要大臣的態度讓袁世凱躲過了這一劫，一是漢臣中最有威望的張之洞，對載灃說要是殺了袁世凱六鎮新軍可就反了，不能殺；另一個是慶親王奕劻，他可還是載灃叔叔輩的人，又是領班軍機大臣，可謂皇族中聲望最高的人，他也不同意殺袁世凱，結果這兩位的態度保了袁世凱一命，最后載灃以袁世凱足疾未愈、走路比較費勁為由將他開缺回了原籍。

人情冷暖世態炎涼總在人的境遇急劇變化的時候顯現出來，平時迎來送往門庭若市的袁府馬上就門可羅雀了，只有老臣張之洞、學部侍郎嚴修、楊度等人給袁世凱送了行，沒了多年來的威風，落差還是很大的。袁世凱這次政治冬眠既是形勢所迫也是躲避兇險韜光養晦，和歷史上所有的權臣都一樣，自己的地位和權力到了一定地步之后就會感到身居高處的寒意，有的繼續增大自己的權力以期無憂，有的則急流勇退，明哲保身，選了兩者的人還未必善終，什么都不選的人會死得更快，袁世凱能在兩位權臣的幫助下脫身已是幸運的了，但袁世凱畢竟是袁世凱，他像蟄伏在雪野中的蛇一樣等待著自己復出的機會。

袁世凱這次被以足疾未愈為由開缺回原籍，但他并沒有直接回自己的老家河南項城，而是現在河南衛輝住了一段時間，隨后又搬到了當時的河南漳州府，也就是今河南安陽市，把家安在了洹河邊上的洹上村，自稱洹上老人，深居簡出差不多三年時間。實際上稍微想一想就能知道里面有不少的貓膩，要是叱咤風云的一代梟雄真的想告老還鄉與家人共享天倫之樂怎么會不回自己的老家以求落葉歸根呢？那我們就先來看看彰德府這個地方是有什么優勢讓袁世凱連老家都不想回了。原來這個彰德府除了位于太行山下風景比較優美之外，它還地處冀、魯、晉、皖四省交界處，京漢鐵路穿行而過，交通十分便利，堪稱“四省通衢，九州咽喉”，就在袁世凱自己發家的直隸邊上，可以很便捷地與自己的老部下們取得聯系，如此說來，袁世凱把這里選作自己的歸隱之地顯然是經過精心挑選的。

袁世凱在洹上村的宅院是一座經過重新修整的別墅，如今已是片瓦無存了，但在當年可是被袁世凱建設的和中世紀歐洲的莊園一樣。袁世凱給這座宅院取名為“養壽園”，主樓命名為“養壽堂”，這“養壽”二字還是當年慈禧太后賜給袁世凱的，如今倒是用上了。養壽園很大，袁世凱經常在里面請戲班子唱戲、請老友來談天敘舊等等，小生活還是挺滋潤的，不錯袁世凱在里面發生的最著名的故事還是袁世凱和他哥哥一起披著蓑衣在湖中垂釣的事情了。袁世凱怕朝廷里還有人對自己的下臺不放心，便專門有一天請來了攝影師給自己和哥哥擺拍了一張披著蓑衣、泛舟垂釣的照片，還把這種與世無爭的樣子不僅自己印了幾百張分發親朋，而且還送到了上海，在《東方》雜志上發表，簡直就是恐怕別人不知道自己已經玩物喪志的節奏。

其實在很多時候人越張揚什么往往是他心虛什么，袁世凱是不根本可能閑著的，目前找到了袁世凱在這三年蟄伏期間寫的一千多封信，幾乎每天都挺忙的，在這些信中可以看到袁世凱不僅和自己的老部下有密切的往來，而且和各個封疆大吏乃至自己的政敵都書信上的往來，一直關心著時局的變化。不僅如此，在后面的兩年袁世凱還和北京之間架設了專門的電報線，讓自己能實時知道時局的變化，這才是真正的袁世凱。也正是在這三年中，袁世凱的親信北洋系也已經羽翼豐滿，成為左右晚清政局重要的軍事力量，可見袁世凱深知亂世一定要有兵權在手的硬道理。很快非比尋常的1911年說來就來了，剛過新年就爆發了黃花崗起義，4月保路運動在全國展開，汪精衛和黃復生甚至還把炸彈埋在了攝政王載灃的家門口，10月11日武昌起義成功辛亥革命爆發，軍隊成了清政府的命根子，而掌握軍隊的袁世凱，復出的機會自然來了。

當北洋新軍奉命去鎮壓革命的時候，都自覺地路過彰德府向袁世凱請示，這就是很明顯的信號了，讓清廷很快意識到要調動北洋新軍沒有袁世凱是不行的，沒多久就重新啟用了袁世凱。在袁世凱蟄伏其間還有一個小插曲，據說1910年的時候袁世凱曾遇到一個名為許長義的算命瞎子，給袁算了一卦，說他吉人天命，貴不可言，命中官星正在移動，官職將大有升遷，一問日期還就在明年八月，說得袁世凱很高興，給了他十塊大洋作為卦禮。結果到了1911年農歷八月的時候，恰逢袁世凱52歲生日期間，忽然傳來了武昌起義的消息，不管算命這件事是真是假，反正此時的袁世凱是真的能乘龍在天了。