所謂“九族”，一般指的是“父族四、母族三、妻族二”。其中“父族四”指：父母、兄弟、姊妹、兒子;出嫁的姑母及其兒子;出嫁的姐妹及外甥;出嫁的女兒及外孫。“母族三”指：外祖父一家;外祖母的娘家;姨母及其兒子。“妻族二”指：岳父的一家;岳母的娘家。

洪武九年(1376)，二十歲的方孝孺拿著自己寫的談立身之道的文章《雜誡》來到宋濂那里，拜宋濂為師。宋濂好多年都未見過這樣好的文章了，很高興地把方孝孺納為弟子。

相傳，一次太祖朱元璋設宴，宋濂出席，太祖命宋濂作一篇《靈芝甘露論》，限明晨交卷。宋濂回家后將此事告訴了方孝孺后，自己因宴中飲酒過多，一覺睡到天明才醒。

準備上朝了，宋濂才想起作《靈芝甘露論》的事，大驚失色。方孝孺胸有成竹地對宋濂說：“老師不必驚慌，我已代師寫成一篇，未知可否？請老師定稿。”宋濂看后十分滿意，未作修改，便直接上呈太祖。太祖看后，覺得此文與宋濂的文風不同，問道：“這是學士的手筆嗎？”宋濂只好如實說：“這是我門生方孝孺的手筆。”太祖聽后很高興，說：“此生良勝汝。”

洪武十五年(1382)，經東閣大學士吳沉等人推薦，二十六歲的方孝孺來到南京，受到明太祖朱元璋的召見。明太祖見他舉止端莊，學問深厚，稱贊他是個不可多得的人才。但方孝孺力主施行仁政，志存教化，與朱元璋重典治國的政治主張相差甚遠。朱元璋深知才非所用，不如不用，只是對皇太子說：“這是一個有才華的正直之士，但現在還不是用他的時候，讓他歷練得更加成熟一些，將來好輔佐你。”于是厚禮相待，送他歸鄉。

對于方孝孺而言，身懷匡世之才而無用武之地，實在是件憾事。此后十年，他隱居在家，一心著書立說，過著清苦的生活。著有《周易考次》、《宋史要言》、《文統》等多部作品，還寫了大量的詩歌。直到洪武二十五年(1392)，經人再次推薦，朱元璋才讓他擔任漢中府學教授，成了個剛剛入流的九品學官

后來朱棣占領南京后，方孝孺果然不肯歸附。因姚廣孝事先囑托過，朱棣沒有殺他，而是將他投入獄中。其實，朱棣也有意借用方孝孺的威望來收攬人心，所以燕軍攻破南京后，朱棣屢次派人到獄中向方孝孺招降，希望由他撰寫新皇帝即位的詔書，方孝孺堅決不從。朱棣又派孝孺的學生廖鏞、廖銘二人前去勸說，反被孝孺痛斥一頓。最后朱棣強行派人押解方孝孺上殿，方孝孺披麻戴孝而入，悲慟而極，哭聲響徹大殿。

孝孺接過筆，寫上“燕賊篡位”幾個字后，隨即擲筆于地，且哭且罵：“死就死！詔書絕不能寫。”朱棣勃然變色，提出警告：“你難道不怕滅九族？”“滅十族又如何？”“好！”朱棣惡狠狠地說，“我就滅你的十族。”

在當年的六月二十五日，也就是朱棣登上皇帝寶座的第八天，就在南京的聚寶門，當著方孝孺的面，朱棣將“十族”一個一個地殺戮。每殺一個追問一聲方孝孺，是否回心轉意。當方孝孺看到他的弟弟方孝友受自己的牽連，就要被砍頭時，深感痛心，淚流滿面。

臨到最后殺方孝孺時，方孝孺謾罵不止。朱棣先是命人將方孝孺的嘴割裂至兩耳，并割下舌頭，隨后處以凌遲之刑。

死前，年僅四十六歲的方孝孺器宇軒昂，作《絕命詞》一首。

天降亂離兮孰知其由？

奸臣得計兮謀國用猶;

忠臣發憤兮血淚交流！

以此殉君兮抑又何求？

嗚呼哀哉兮庶不我尤！

清初史家谷應泰這樣嘆道：“嗟乎！暴秦之法，罪止三族;強漢之律，不過五宗……世謂天道好還，而人命至重，遂可滅絕至此乎！”