江南人民與清軍浴血苦戰的時候，福建的隆武政權在張肯堂，黃道周等大臣的操勞下，也在積極準備北伐。但是，掌握軍事實權的將軍鄭芝龍，心懷不軌。

鄭芝龍本是福建南安人，是來往于福建沿海與南洋一帶的大商人兼大海盜，勢力很大。后來受明朝招安，做上了福建總兵，實際是個軍閥。他也是擁立隆武帝的大臣之一，在小朝廷里舉足輕重。

鄭成功是鄭芝龍的兒子，出生在日本，七歲時回到祖國，受到民族文化的教育，不但聰明敏捷，而且有遠大志向，喜歡閱讀《孫子兵法》、《春秋左傳》等書。

隆武帝準備北伐時，他是他父親軍中的一名將領，才二十二歲。他想跟著大軍，北上與清軍作戰。突然，他聽說，父親不但不參加北伐，還要投降到清軍那里去，好保住鄭家的財產。他感到痛苦和氣憤，就找到父親勸他，想用民族大義打動父親，放棄降清的念頭。但鄭芝龍執迷不悟，親自到清營投降，反而被清軍挾持，帶到北京軟禁起來。

隆武帝見鄭成功赤膽忠心，賜他姓朱，稱為“國姓爺”，又任命他為招討大將軍。后來清兵殺來，隆武帝出逃，鄭成功的老家也被清軍蹂躪，母親受辱自殺。他悲憤地跑到廣東、福建交界處的南澳島上，招募到一支幾千人的武裝。又來到廈門，擴大武裝，制造戰船，操練兵馬，準備與清軍戰斗。

鄭成功用計消滅了廈門軍閥鄭聯，合并了他的隊伍，力量更加壯大。

鄭成功執法如山，紀律嚴明。在一次戰斗中，他堂叔鄭芝鵬臨陣逃跑，鄭成功按照軍法，將他斬首。從此，沒有人敢再違犯他的軍令。

清軍派他弟弟帶著鄭芝龍的親筆信，來勸鄭成功投降，說：“你不過去，父親的性命難保。”鄭成功回信，宣布盡忠不能盡孝，要與父親決裂，堅持抗清立場。

他還與堅持在廣西、云南堅持抗清的永歷政權也取得聯系，永歷皇帝封他做延平郡王。

公元１６５９年，鄭成功聯合抗清將領張煌言的部隊，率領十多萬水軍，幾千艘戰船，開始北伐。但不幸在舟山附近海面遇到颶風，損失八千人，只得暫駐舟山修整。第二年，鄭成功再次北伐，接連打下瓜洲和鎮江，直抵南京城下，江南許多州縣，紛紛起義，響應鄭成功。可惜他中了清軍南京守將假投降的奸計，沒有及時攻下南京城，反被清軍偷襲，損失慘重，只好退回廈門。

清軍乘勢向福建掃蕩。鄭成功面臨兵力、財力的困難，轉而準備收復臺灣，將那里建成抗清的基地。

臺灣在福建對岸，自古就是中國的領土。三十多年前，荷蘭人侵入臺灣，在寶島上建筑起兩座城堡，一座叫赤嵌城（今臺灣臺南），一座叫做臺灣城（今臺灣安平），私自在臺灣收稅，鎮壓居民的反抗。

鄭成功在廈門加緊做收復臺灣的軍事準備。恰好，在荷蘭人手里做翻譯的華人何斌（一作何廷斌），受荷蘭駐臺灣總督揆一的派遣，來與鄭成功商量貿易的事。何斌是個愛國的人，他向鄭成功反映了臺灣人民歡迎大軍過海驅逐荷蘭侵略者的愿望，又送上一幅荷蘭人在臺灣軍事布防的地圖，還有臺灣海峽水路圖。

這件事，大大堅定了鄭成功進軍臺灣的決心，他不顧一些將領的反對，在公元１６６１年的農歷三月，率大軍二萬五千人，從金門出發，克服了狂風惡浪的襲擊，到達鹿耳門港外。通向島上的有兩條航道，南航道水闊港深，好開大船，但荷蘭人早將航道堵塞，防守嚴密；北航道水面窄，礁石多，大船進不去。但漲潮時，有條很窄的航路，可行大船。荷蘭人沒有在這里設防。鄭成功選擇從北航道進港，在何斌的導航下，戰艦一條跟著一條，悄悄地駛進禾寮港，登上陸地。大軍的到來，使臺灣各族民眾歡欣鼓舞，他們給大軍送水送糧食，提供牛車，熱情幫助。鄭成功部署軍隊，迅速將荷蘭侵略者盤踞的赤嵌城包圍起來。

駐守臺灣城的揆一派出水陸兩支軍隊來救援赤嵌城。海上一支有四艘戰船，最大的叫“赫克脫”號，威力強大。但鄭成功水軍靈活機動，勇猛頑強，幾十艘戰船圍住它，一陣火攻炮擊，“赫克脫”號燃起熊熊大火，接著發生爆炸，沉入海底。其余三艘，掉轉船頭就跑。其中的郵船“瑪利亞”號，竟一口氣逃到老窩巴達維亞（今印度尼西亞爪哇）。陸上一支援軍二百多人，由彼得爾上尉率領。彼得爾與一百多名士兵被鄭軍擊斃，其余荷軍逃回臺灣城。

從此，荷蘭侵略者只得龜縮在城堡內。赤嵌城內荷軍司令斷了援軍，又缺水源，先扯起白旗投降。剩下的臺灣城，防守非常堅固，炮火猛烈，鄭軍士兵強攻，傷亡不小。因此，鄭成功決定將城長期圍困，逼荷軍投降。

荷蘭東印度公司收到逃回去的郵船“瑪利亞”號的報告，派來幾艘戰船救援，又被鄭成功水軍擊敗。鄭成功在將臺灣城圍困幾個月后，派兵攻占了臺灣城外城，使大炮直接對準城里。荷蘭總督揆一感到大勢已去，不得不開城投降。

受降儀式在鄭成功軍營里舉行，鄭成功高坐正中，揆一卸下佩劍，脫下軍帽，畢恭畢敬地在降書上簽下字，帶著他的殘兵敗將，徹底離開了盤踞三十八年的中國寶島。

鄭成功在島上建立了一府二縣，又從大陸帶去了大量的種子、農具和耕牛，組織軍隊和民眾屯田墾荒，發展農業，為進一步開發臺灣作出了積極貢獻。