來到中國最早的一批傳教士，以16世紀的利瑪竇最為有名，繼利瑪竇之后，德國耶穌會士湯若望于17世紀初滿懷著對東方的幻想來到了中國的明王朝，歷經幾代皇帝變更，甚至目睹了明清朝代的更替。數十年來，湯若望一直從事著歷書的編纂和整理，深受皇帝的賞識，清軍入關之后，湯若望便被順治皇帝所接納，他的學識深深打動了清廷的王室，包括孝莊太后、順治皇帝在內，很多人都從他身上學到了許多西方的自然科學知識和人文思想。

對于湯若望等傳教士受寵之事，大臣鰲拜深感為恨。鰲拜認為，過多聽信西學，會動搖清王朝的傳統根基，因此湯若望不除不行。于是他和反對西學派的大臣聯合起來陷害湯若望，由于剛剛登基的康熙小皇帝尚未能完全把持朝政，所以無法營救湯若望，直到孝莊太皇太后出面，湯若望等西學者才走出監牢。

然而，從鰲拜的身上就可以看到，清王朝的絕大多數臣子對西學和傳教士都是有所忌憚的。雖然康熙皇帝對西洋科學甚是沉迷，常常仔細鉆研，并鼓勵天主教在中國發展、允許傳教士傳教，可是他的兒子雍正皇帝卻對傳教士深惡痛絕，甚至將傳教士逐出中國，殺害大批西學者。

雍正皇帝之所以這樣做，起因源于福建一起教會案件。雍正元年(1723年)，福建省福安縣有一個生員教徒突然棄教，向官府告狀，聲稱教士修建教堂，大肆斂財，教堂里男女混雜，實在是敗壞風氣，有辱斯文。對于封建傳統禮教甚是嚴格的古代社會，男女一向不得逾越，但西洋教會卻并沒有這種限制，而西學主張的民主思想、人人平等對君權提出挑戰，更是動搖大清社稷之根本。雍正皇帝越發覺得傳教士具有無形的危險性，幾經思量，終于下詔全國驅逐傳教士。

雍正驅逐傳教士是逐步進行且手段緩和，他的驅逐理由即是西洋傳教的覆蓋面積過大，有意識形態侵略的嫌疑，同時也妨礙了其他宗教的發展，所以傳教士在中國的活動應當被有效地遏制。另外，康熙皇帝在位期間，羅馬教皇于1715年發布禁令，嚴禁中國教徒尊孔祭天，康熙帝對此非常震怒，于是下令只有承認中國禮儀的教士才能留在中國，意思是與羅馬教皇分庭抗禮。雍正帝作為康熙帝的繼承人，自然不能在氣勢上輸給對方。

還有一件事情是雍正帝不得不擔心的。由于西洋傳教士所宣傳的思想是反封建、反專制的，因此民間有很多組織借西學的名義策劃反動活動，令清廷不堪滋擾，因此傳教士驅逐活動迫在眉睫。

種種原因疊加在一起，令雍正帝下定決心驅逐傳教士。就這樣，西方傳教士漸漸從中土各地消失殆盡，只在廣州一帶還有活動。一些留在南洋的傳教士依靠辦新聞報紙的方式立穩腳跟，卻再也不敢以傳教的名義暢游中國。清王朝也是自雍正帝開始，實行了閉關鎖國政策，這無疑加速了清王朝落后和滅亡的趨勢。