1854年4月29日，太平天國北伐軍在林鳳祥、李開芳帶領下，沖破重圍，自阜城南下，于5月5日攻克連鎮。為接應北伐援軍，李開芳又與林鳳祥相商，于5月28日統帶630余名騎兵南下，次日占據高唐，在高唐與勝保為首的清軍相持9個多月。1855年3月7日，僧格林沁攻克連鎮，北伐軍主力覆滅，旋奉命“帶兵馳往高唐督辦軍務”。李開芳又于3月17日夜率余眾300余人自高唐突圍而出。太平天國北伐戰爭進入最后的階段。

自高唐突圍后，太平軍直奔東南而去。僧格林沁亦整隊窮追。途中，太平軍打聽到茌平馮官屯糧草甚多，遂一鼓而進，向屯內發動攻擊。當地地主武裝企圖抵擋，但經不住太平軍的銳利攻勢，武監生鄒桂林等執械阻擋，先后被殺，太平軍乘勝占領了馮官屯。鑒于該屯不僅確實有糧，而且還有城堡，加上后面官兵追趕甚急，太平軍遂決定在此據守，進行最后的抵抗。

馮官屯距高唐州城45里，距茌平縣城18里。 “屯內富室之居高樓大廈，繚以墻垣，皆磚石為之”，“十分堅固，炮不能入”。太平軍占據該屯以后，迅速“用各種大木器周圍堵住”，“內掘陷坑，排列槍炮，守御極嚴”。僧格林沁率領清軍“追至屯外，用馬步隊圈圍”。太平軍見官兵近前，即放槍炮。僧格林沁只得率部在屯外“環圩筑堤、扎望樓以圍困之”。

3月19日，僧格林沁即以優勢兵力向太平軍發動猛烈進攻。官兵蜂擁而前，很快由屯西攻入村內，雙方短兵相接，展開肉搏，戰斗極為慘烈。太平軍在猝不及防的情況下，浴血奮戰，殺傷一批清軍。但太平軍傷亡亦重，終以敵眾我寡，被迫放棄西面兩村，退守馮官屯東南一隅，繼續抵死抗拒。

3月22日，清軍從高唐將大炮運到，遂向馮官屯轟擊，轟倒樓房數座，太平軍傷亡多人。當時，李開芳將作戰指揮部設在地主鄒振岐家，而鄒振岐早已逃出馮官屯，并令其子鄒湘皋往僧格林沁大營報告李開芳所在位置，于是“官軍以巨炮轟擊，倉箱盡毀”，以致太平軍無所得食。從此，太平軍糧草漸漸缺乏。其后，僧格林沁更是屢令官兵向村內轟擊，致使“村內房屋，皆被擊塌”。在這種情況下，勇敢機智的太平軍將士們，“因房屋不能棲止，在村內挖掘地壕，盤旋三匝，可由地下通行”，然后又在壕溝中挖掘地窖，“以避槍炮”，且資住宿。在窖外，又遍挖小孔，“伏于地下向外瞄視”，若官兵來攻，即向敵開槍”，故能擊敵而不為敵所擊。李開芳甚至還利用所挖地道，對付清軍炮隊，將僧格林沁“炮臺轟倒，擊死炮隊弁兵多名”。

3—4月間，官兵連日進攻，屢屢受挫。太平軍區區數百人，打起仗來卻異常英勇頑強，官軍每次進攻都是丟下一批尸體，大敗而回。這一切簡直使僧格林沁束手無策，更生怕曠日持久而重蹈勝保被革職問罪的覆轍，在萬般無奈情況下，僧格林沁又重演水攻連鎮的故技，僧格林沁下令“沿河筑堤”，以便開渠引水入屯。由于“運河勢低，馮官屯地高”，僧格林沁“先將四周筑墻，外挖寬溝，挖壕之土，加培內墻”。僧格林沁征集民夫，“沿道筑堤”，開挖渠道，“自東昌三孔橋起，至馮官屯石橋止”。此溝口寬五六米，底寬2米有余，深約2米，長達123華里，費時逾月，用去52000余貫錢，至4月19日完工，即引運河水入壕。僧格林沁更飛速調集民夫2000人，用水車巴斗將水灌入墻內，墻外仍筑土墩，排列槍炮，“令兵勇站立瞭望”，“加意防范”，以防太平軍“突出挖墻倒浸”。“自水灌入壕后，將賊偷挖地雷多處均沖塌陷。”從此，北伐太平軍的斗爭，便進入了最艱苦、最悲壯的階段。

在此期間，太平軍也一面堅守陣地，一面繼續尋找機會突圍。4月14日，太平軍不動聲色，潛行出壕，向屯西南清軍發起猛烈進攻，以為突圍之試探。清軍發現太平軍的意圖后，立即組織兵力攔阻。由于清軍槍炮密集，太平軍遂被迫退回屯內。次日夜間，太平軍又沿著向西南清軍炮臺方向早已挖好的地道運動，乘清軍不備，“全隊撲出，直沖炮臺”。在太平軍突如其來的攻勢面前，炮臺清軍登時潰亂。守將格洪額見勢不妙，“帶隊先奔”。太平軍撲上炮臺，活捉以前投降清軍、已升任都司的叛徒毛勇石（后被太平軍處死）。已占據炮臺的太平軍，一面迅速將拉不走的炮位炮眼封死，使其不能繼續使用，一面又“將炮臺前壕墻轟塌”，使官軍數日所筑大段壕墻毀于一旦。太平軍隨即由炮臺一帶向外沖擊。僧格林沁聞訊后，慌忙帶大兵來援，并下令開炮轟擊太平軍。太平軍將士英勇沖鋒，斬僧格林沁親隨、三等侍衛巴薩拉，連僧格林沁坐騎前胸亦為抬炮穿過，隨從戈什哈也為太平軍擊斃。僧格林沁雖未受傷，但已嚇得喪魂失魄。后因官軍繼續開炮轟擊，加以眾寡懸殊，太平軍被迫丟下所攜沉重木梯等械，退回屯內。是役，太平軍奪取了清軍的炮位，給清軍以較大殺傷，清軍官弁各勇30余名被殺，且受傷者甚多。因疏于防范，僧格林沁被清廷交部議處。4月19日夜，太平軍又謀突圍，他們用所造“上拴大炮”的長梯向外轟打，清軍“傷亡兵丁不少”。僧格林沁“親督大隊圍攻，坐馬受傷，袍襟亦有傷痕”。

此后，僧格林沁派兵勇數千，“晝夜車挽手推，并用戽水之法”，“灌注不息”。由于太平軍所占之處，地勢較高，僧格林沁又督兵勇繼續“將圍墻培厚加高，水勢抬起，用水車水機水戽盡力澆灌，晝夜不息”。加上連日大雨，水勢大漲”，漸漸淹至太平軍所據之地。不久，太平軍“潛伏之處，俱已有水深三二尺，谷麥雖尚充足，半被水浸”。再往后，屯內更是“遍地皆水，只剩二三丈干地”及“破屋數椽”，除李開芳尚可支床及少數將士在干地棲息外，其他太平軍將士或“處泥淖中”，或“聚居樓上”，火藥、糧食亦多被浸濕。據記載：當時，太平軍“尚有米麥兩囤，火藥數簍”，但由于太平軍“米麥無處舂杵，不能作食”，也嚴重削弱了戰斗力。而清軍卻仍用大炮不時轟擊，甚至還時常向太平軍駐地發放“炸炮”，其中有一“炸炮”適落太平軍“環聚之屋”，“中堆火藥數簍”，炸死炸傷太平軍將士多人。太平軍不僅柴米匱乏，甚至連飲水也成了問題，這是因為時值初夏，“水穢臭多蛆，人馬糞溺，皆釀其中，風日薰蒸”，病菌叢生，故“飲者輒死”。而太平軍將士“皆裸足水中，水已及膝，而遍腿粘蛆”。據載：老奸巨猾的僧格林沁，還收購大量青蛙，投放到馮官屯東寨水中，命清軍于蛙不鳴處以排槍掃射，造成太平軍的更大傷亡。