一戰開始后，中國作為中立國，卻恰好得罪了交戰雙方，德國方面就不滿意了。德國駐京公使辛慈，忽然發來通牒，說德國政府準備在2月1日以后，采用海上封鎖政策。所有中立國的輪船，不得在劃定的區域內自由航行，否則一切后果概不負責。外交部急忙呈報總統和總理，為了這件事，又起了沖突。

當時，中國宣告中立已有三年時間，這一次德國違背國際條約，也激怒了一些別的國家。美國曾向德國提出了幾次抗議，總理段祺瑞也想提出外交抗議，總統黎元洪卻不想和德國翻臉，在段祺瑞的再三慫恿下，才令外交部向德國遞交了抗議書。

抗議書送出去好一陣子，德國方面卻置之不理，政府騎虎難下，只好再進一步，與德國絕交。先在國務院中特設外交委員會，除國務院全體及各部所派中立辦事員均列席外，再邀請陸徵祥、夏詒霆、汪大燮、曹汝霖等人，一同商議。

這時，梁啟超恰好到京，段祺瑞自然要請他參加。梁啟超口才很好，詳細說明了和德國絕交的利害關系，洋洋灑灑，非常動人，大家多半贊成。散會后，總理入告總統，黎元洪始終持重，不肯馬上答應。

段祺瑞據理力爭，說了好幾次，黎元洪還是猶豫不決，段祺瑞十分惱怒，也不向總統告別，馬上跑到天津去了。

國務總理段祺瑞主張和德國絕交，總統黎元洪不肯照辦，他自然非常生氣，到了天津后，派人呈上辭職書。這樣一鬧，總統黎元洪未免又驚慌起來，當即派人前去挽留。沒想到，段祺瑞的心腹、教育總長兼署內務總長范源濂，也居然送來辭職書，顯然是為了支持段祺瑞。

總統黎元洪更加憂慮，急忙叫來副總統馮國璋，商議挽回的法子。馮國璋說：“總統想挽留段總理，除非與德國絕交，否則我也想不出什么辦法。”

黎元洪沉吟良久，還是拿不定主意。這時，派去挽留段祺瑞的人回來說，段總理已經決定回老家，不愿再來任事。馮國璋聽了，不禁在一旁微笑。黎元洪說：“他不肯再來，怎么辦？”馮國璋說：“總統若依了他的計策，我管叫他即日來京。”黎元洪還有些不相信，馮國璋說：“德國已經犯了眾怒，成了大家的公敵，就連和他聯盟的意大利，亦加入到協約國中，對德國宣戰，可見中國與德國絕交，將來決不致有害。若從利益上說，現在協約各國已經允許我們修改各種條約，這難道不是我們的一大勝利嗎？”黎元洪說：“改約的事情，果真靠得住嗎？”馮國璋回答道：“等段總理回京后，再去詢問協約國政府，如果他們承認，我們就提出照會，與德國絕交。”黎元洪同意了。

馮國璋當即退出，乘專車趕赴天津。到了晚上，兩人果然攜手而回，到總統府拜見，黎元洪樂顛顛地出來迎接，免不了與段總理周旋一番，段祺瑞也謙遜了幾句，馬上發電報國各國，得到他們肯定的答復后，才松了一口氣。

不過，對這件事，當時還有許多異議，國會議員如曹振懋、唐寶鍔、丁世嶧等人保持觀望態度，馬君武等人甚至通電各省，反對和德國絕交;外面如張勛、倪嗣沖、王占元諸位督軍，都請求政府維持中立。還有孫中山、唐紹儀、康有為、姚文棟、溫宗堯等人，也陸續給政府和國會發電報，反對和德國絕交。其余如順、直省議會，沈陽、上海、天津、山東、廣東等省的商會和各種團體，均要求保持中立。

段祺瑞不為所動，一意孤行，于3月9日在迎賓館舉行宴會，請議員們交換意見。那些議員都是老油條，自然見風使舵，表示同意。

第二天中午，參眾兩院各自召開秘密會議，段總理及財政總長陳錦濤，教育總長兼內務總長范源濂，司法總長谷鐘秀，外交部參事伍朝樞等人，先到眾議院報告外交的經過，并講述了對德絕交的宗旨，請議員支持。眾議員經討論后，投票表決，大多數贊成和德國絕交。段總理又到參議院登堂報告，于次日進行表，也算大多數通過。

和德國絕交后，兩國分別召回了自己的公使。中國派往德國的公使顏惠慶即日歸國;德國派駐中國的公使辛慈帶著各地的領事，相繼出境，于是天津、漢口等地的德租界，即令地方官收回。還有津浦北段鐵路管理權及在上海、廈門、廣州等處的德國商船，均先后歸中國收管;就連供職于路礦的德國工程師，亦一體解職。只有普通的德國僑民，暫且允許留下來，德國的銀行暫時照常營業。

在上海法租界中，有一所德國人開辦的同濟醫工大學，教育部準備收回。誰知法國人先下手為強，由法租界工部局勒令解散，把德國人驅遣出境。外交部馬上向法國提出抗議，由教育部派人到上海，與該校董事協商善后，將該校遷入吳淞中國公學舊址，由教育部另外任命校長，仍留下德國人為教員，照常開學，將所欠德國的各種款項，暫存在中國銀行。

這樣一來，英法各國又出來反對，都想分一杯羹，而且駐京的荷蘭公使，發來照會，自稱受德國公使委托，代管所有在華的利益。段祺瑞非常惱怒，索性提出對德宣戰，一來可以滿足協約國的希望，二來可避免受到荷蘭公使的牽制。

不過，總統黎元洪認為，中國和德國絕交，已經十分嚴厲了，如果再宣戰，更覺得不妥，因此決定暫時觀望，沒有答應段祺瑞的請求。結果，總統府和國務院免不了又沖突起來，矛盾越來越激化。

雙方正在鬧意見，四川傳來了警報，說四川和云南兩軍爆發了內戰。原來，羅佩金鎮守四川，威望不及蔡鍔，而且部下有許多云南軍，駐扎在四川境內，經常和川軍發生摩擦。政府見四川平定，要求羅佩金裁軍。師長劉存厚、周道剛、鐘體道、陳澤霈、熊克武等人，暗中不服，準備驅逐羅佩金，居然率軍進入成都，來與羅佩金評理。羅佩金不肯退讓，下令阻止劉軍入城。劉軍哪肯從命，一哄而進，竟向督軍署撲來。督軍署內開炮轟擊劉軍，劉軍馬上開槍還擊，省城頓時變成了戰場。可憐成都的居民，茫無頭緒，驟聞各種槍炮聲，嚇得魂飛天外。后來商民選出代表，呼吁休戰，這才停了一兩天。

羅佩金、劉存厚分別致電中央政府，爭辯曲直。總統黎元洪想籠絡兩人，特任羅佩金為超威將軍，劉存厚為崇威將軍，叫他們即日來京，另命省長戴戡暫行兼代四川督軍，劉云峰為暫編陸軍第二師長，更派王人文為四川查辦使，張習為查辦副使，赴川查辦此事。

王人文、張習兩人奉命出發，還沒有進入四川，羅佩金已經遵令交接，將印信交給戴戡，戴戡即日就職，和劉存厚商量，請他退兵出城。劉存厚仍然不理不睬，還要擁兵自重，盤踞在城里，戴戡不得已，再次把實際情況報告給政府。

黎元洪接到電報，才知劉存厚擁兵自重，不服從命令，只好態度強硬起來，將他免職。此令一下，才聽說劉存厚有退兵的意思。王、張兩位查辦使，得以安然抵達四川，進行調查，報告四川的戰亂情形，由總統撥款賑濟了事。

此時，在政府內部又起了糾葛。財政總長陳錦濤向總統揭發次長殷汝驪，說他徇私舞弊，貪贓枉法;而煉銅廠商人柴瑞周等人，又到國務院告發陳總長，后來索性將兩人一起免職查辦。殷汝驪早已逃之夭夭，只有陳錦濤一人到案，留置在看守所。接著又是交通總長被控告一案事發：交通部直轄津浦鐵路管理局，曾向華美公司購辦機車，局長王家儉、總務處長童益臨納賄舞弊。此事轟動京城，經交通部查明，將二人撤職，總長許世英有失察之過，自動辭職。

這時，司法總長張耀曾不免感到兔死狐悲，竟然彈劾檢察長楊蔭杭和檢察官張汝霖，說他們違法辦案，于是許世英和陳錦濤被釋放，財政交通總長兩席，暫由財政次長李思浩、交通次長權量代理。隨后，又提議李經羲出任財政總長，經國會投票通過，曾經的云南都督李經羲，又重新出山了。

國務總理段祺瑞并沒有把這些爭端放在心上，一心一意地主持外交，一定要與德國宣戰。山西、河南、山東、江西、湖北、福建、吉林、河北等省的督軍，安徽省長、察哈爾都統、綏遠都統等人陸續進京，此外各省亦均派代表到會。4月25日，召開督軍團會議，由段祺瑞任大會主席，商量對德宣戰的問題。各位督軍、都統都是雄赳赳的武夫，自然贊成段祺瑞的主張。吉林督軍孟恩遠首先起座，表示贊成，隨后大家便附和起來。

段祺瑞自然欣慰異常，散會后，馬上去報告總統。黎元洪很是不高興，但又不便當面駁斥，只好淡淡地答道：“宣戰不宣戰，總須由國會議決，若但憑軍人主張，何必虛設國會呢？”5月1日，國務院通過對德宣戰案。段祺瑞吩咐秘書擬定咨文，蓋上大印，送到總統那里。黎元洪受人挾制，無可奈何，憤憤地蓋上印，將咨文擲回給來人。